תנא בדור הרביעי. חותנו של רבי שמעון בר יוחאי (שבת דף לג ע"ב: "שמע רבי פנחס בן יאיר חתניה". וביד יוסף גרס חותנו. והוכיח כן מזוהר בלק דף ר ע"ב, שם מפורש שרבי שמעון בר יוחאי נשוי לבתו של רבי פנחס בן יאיר. וכן נראה קצת מהגמרא בשבת לג ע"ב שכתוב שבתחילה היה רבי שמעון בר יוחאי מקשה ורבי פנחס בן יאיר מתרץ לו עשרים וארבעה תירוצים), וחברו של רבי יהודה הנשיא.
רבי פנחס בן יאיר היה מלומד בנסים. מסופר בגמרא (חולין דף ז ע"א): "רבי פנחס בן יאיר היה הולך לפדיון שבויים, והגיע לנהר גינאי. אמר לו: גינאי, חלוק לי מימיך ואעבור בך. אמר לו: אתה הולך לעשות רצון קונך ואני הולך לעשות רצון קוני, אתה ספק עושה ספק אין אתה עושה ואני ודאי עושה. אמר לו: אם אין אתה חולק גוזרני עליך שלא יעברו בך מים לעולם, חלק לו".
"אמרו עליו על רבי פנחס בן יאיר: מימיו לא בצע על פרוסה שאינה שלו, ומיום שעמד על דעתו לא נהנה מסעודת אביו" (ילקוט שמעוני פרשת וישלח רמז, קלח). מסופר במדרש (דברים רבה פרשה ג): "מעשה ברבי פנחס בן יאיר שהיה דר בעיר אחת בדרום, והלכו אנשים להתפרנס שם והיו בידן שתי סאין של שעורים, והפקידו אצלו ושכחו אותן והלכו להן. והיה רבי פנחס בן יאיר זורע אותן בכל שנה ועשה אותן גורן וכונסן. אחר שבע שנים הלכו אותן החברים לשם לתבוע אותן ליתן להן, מיד  הכיר אותן רבי פנחס בן יאיר, אמר להם בואו וטלו אוצרותיכם. ושוב מעשה ברבי פנחס בן יאיר שהלך לעיר אחת, והיו העכברים אוכלים בתחומה של אותה העיר. אמר להן: למה אין אתם מפרישין מעשרותיכם כראוי, מבקשין אתם שנערוב אתכם שאם אתם מפרישין מעשרותיכם כראוי אין עכברים אוכלין עוד? אמרו לו כן. ערב אותן והלכו העכברים ולא נראו עוד".
נאמר בגמרא (שבת דף קיב ע"ב): "אמר רבי זירא אמר רבא בר זימונא: אם ראשונים בני מלאכים אנו בני אנשים, ואם ראשונים בני אנשים אנו כחמורים, לא כחמורו של רבי חנינא בן דוסא ושל רבי פינחס בן יאיר אלא כשאר חמורים". מסופר בירושלמי (ירושלמי, דמאי פרק א דף כא ה"ג): חמורו של רבי פנחס בן יאיר גנבוה ליסטים, החביאוה אצלם במערה שלושה ימים ולא אכלה כלום. לאחר שלושה ימים החליטו להחזירה לבעליה שלא תמות אצלם. הוציאוה והלכה ועמדה בפתח בית בעליה וגעתה. אמר רבי פנחס בן יאיר: פיתחו לה, שזה שלושה ימים שלא אכלה כלום. נתנו לה שעורים של דמאי ולא אכלה. אמר להם: מה נעשה לעלובה הזאת, שהיא מחמירה על עצמה הרבה ואינה אוכלת אפילו מדמאי. הרימו מעשרות ואכלה.
(כתב: הרב אוריאל לוי)