המחלוקת האם יש אם למסורת או אם למקרא מובאת במקומות רבים ונחלקו בה תנאים רבים (לדוג' ראה פסחים טו א רש"י ד"ה יניחנה. קידושין יח ב וברש"י ותוס'. סנהדרין ד א תוד"ה כולהו) ועיקרה הוא האם יש לדרוש את הקרי או שמא את הכתיב, במקרה בו יש סתירה ביניהם [כשאין סתירה, כולם מודים שדורשים גם את הקרי וגם את הכתיב (תוס' ד"ה ורבי)].
אך יש לברר, למה בחרו חז"ל לכנות את הלימוד מן הכתיב והקרי בשם 'אם למקרא ואם למסורת'? מדוע לימוד זה נקרא 'אם' ולא 'אב' כמו 'בניין אב'? ומדוע לכתיב קוראים 'מסורת'? [בפשטות, לקרי קוראים 'מקרא' כי כך הוא נקרא]
ראשית נבאר למה נקרא לימוד זה בשם 'אם' ולא בשם 'אב'. בראשונים מובאים כמה הסברים לזה.
1. הרי"ף (שו"ת הרי"ף סי' א) כתב, "שבמקום שעושה אותו דבר עיקר ללמוד ממנו דבר אחר קורין אותו אב. וזה שאמר יש אם למקרא הואיל ואין למדין ממנו לדברים אחרים, אלא להודיע על מה סומכים על הקריאה או על המסורת קרא להם אם שהקריאה אינה לשון זכר אלא לשון נקבה", והשל"ה הקדוש (כללי התלמוד כלל מדות אות נה) הוסיף לבאר, "שבנין אב הוא מלמד ובונה אב לכל מקום שתמצא כן, כמו האב זרעו מתפשט, וזרע זרעו כולם יוצאי ירכו, ו'למשפחתם לבית אבתם' כתיב, מה שאין כן באם למקרא ולמסורת שאינו מתפשט חוצה לו ליתר עניינים, רק פה מתגלה כוונת הפסוק למצוא טעם הפסוק, כהא דכתיב 'דדיה ירוך', וכתינוק היונק ומוצא טעם, על כן נקרא אם".
2. בדומה לרי"ף כתב גם ב'ספר הכריתות' (חלק א בית ג סע' ב) "ואומר דלכך קורהו בנין אב, ואמרינן יש אם למקרא ויש אב לא אמרינן, מפני שהאב פועל בשלישי הוא מוליד באשה ואשה יולדת הולד... אבל יש אם למקרא ולמסורת אינם כי אם 'אם' שהיא יולד בשני, כלומר שהוא מגלה דין בעצמו... ואין מגלה לנו דין במקום אחר".
3. רבינו בחיי (דברים פרק לג פסוק ח ד"ה וללוי) מבאר שבנין אב מלמד מפוק אחד על פסוקים אחרים, לעומת 'אם למקרא ואם למסורת' מלמד על דברים שנמסרו בתורה שבעל פה כלשונו, "באור הענין כי 'בנין אב' לא נזכר בשום מקום מהתלמוד אלא על פסוק מפסוקי תורה שבכתב, ואם כן ראוי להם להזכיר בזה לשון 'אב' ולומר 'זה בנה אב' או 'בנין אב', כי כל פסוק ופסוק הוא בנין האב יתעלה ששמענו התורה מפיו מתוך האש, וכענין שכתוב "ביום דבר ה' אליכם בחרב מתוך האש", ולא היה ראוי שיזכירו בו לשון "אם". אבל כשאמרו "יש אם למקרא ולמסורת" שהוא דבר נמסר מעסק תורה שבעל פה הזכירו 'אם' ולא 'אב'".
ולמה נקרא הכתיב בשם מסורת? על שאלה זו ענה רש"י אצלנו (ד"ה יש אם) "כמה שכתב משה ומסר בספר תורה לישראל", הכתיב נמסר על ידי משה לישראל בתורה שבכתב ולכן נקרא הלימוד מן הכתיב 'אם למסורת'. לכאורה, הסבר זה צריך עיון, שהרי גם התורה שבעל פה 'נמסרה' על ידי משה לישראל, כך מוכח מהמשנה בתחילת אבות, "משה קיבל תורה מסיני ומסרה ליהושע". יחד עם זאת, יש לזכור שהחכמים שעסקו בניקוד התורה ובחסרות ויתרות נקראים 'חכמי המסורה'.
הסבר מעניין למושג 'אם למסורת' מביא רש"י במסכת פסחים (פו ב ד"ה תלמוד לומר) והוא, שהמסורת היא תרגום אונקלוס, אך רש"י דוחה שם סברה זו ומבאר שאם למסורת הוא הכתיב כאמור לעיל.