(תודה לרב דוד כוכב ולחננאל שסייעו בתיקון הדברים)
רש"י:
...ואם תאמר היכי משכחת לה דאיבני בחמיסר בי''ט ודאיבני בליליא והא קיימא לן במסכת שבועות (דף טו:) דאין בנין בהמ''ק לא בי''ט ולא בלילה הני מילי בנין בידי אדם אבל בנין העתיד לבא בידי שמים הוא:
וכן פירש בסוכה מא
אי נמי. דאיבני בחמיסר סמוך לשקיעת החמה והיא היא ואי קשיא דבלילה אינו נבנה דקי''ל בשבועות (דף טו:) דאין בנין בית המקדש בלילה דכתיב וביום הקים ולא בחמיסר שהוא י''ט דקי''ל בשבועות (שם) דאין בנין ב''ה דוחה י''ט ה''מ בנין הבנוי בידי אדם אבל מקדש העתיד שאנו מצפין בנוי ומשוכלל הוא יגלה ויבא משמים שנא' (שמות טו) מקדש ה' כוננו ידיך:

יש לדעת שפרוייקט השו"ת לא מצא בספרות חז"ל את דרשתו של רש"י כלשונה, אבל כן מצא דרשות שמשמעותן שיש בית בנוי בשמים, בעיקר בזוהר פר' פנחס ובעוד מס' מדרשים שמספרים שמשה רבינו ויעקב אבינו ראו כבר את הבית השלישי בנוי בשמים. הקבצים המדרשיים האלו לא בטוח שהיו לנגד עיניו של רש"י (ייתכן כמובן שהיה לו קובץ אחר שנעלם ממנו) וגם מדקדוק הלשון והתוכן לא בטוח שרש"י מתייחס בדבריו למדרשים אלו בדווקא, במיוחד כיוון שאינו מציין שדבריו לקוחים ממדרש או מקור חיצוני כלשהו.
נציין גם שיש בחז"ל דרשה מנוגדת לדברי רש"י והיא במסכת כתובות ה א: "גדולים מעשי הצדיקים יותר ממעשה שמים וארץ, דאילו במעשה שמים וארץ כתיב 'אף ידי יסדה ארץ וימיני טפחה שמים', ואילו במעשה הצדיקים כתיב 'מקדש ה' כוננו ידיך" מבואר שחז"ל תפסו שפסוק זה מדבר בדווקא על מעשי ידי הצדיקים ולא מעשה שמיימי כלל!

דרשה זו הייתה בוודאות מוכרת לרש"י ובכ"ז הוא מתעלם ממנה ומעדיף את הדרשה שירד הבנייין משמים, למה?
נראה שרש"י העדיף דרשה זו ואולי אף חידשה מדעתו כדי לתרץ קושייתו וכדברי התוס' רא"ש (בסוכה שם):
"אלא ע"כ צריך לחלק כמו שפירש רש"י דמקדש לעתיד בנוי ומשוכלל [יגלה ויבוא מן השמים] כדכתיב מקדש ה' כוננו ידיך.

ואכן רוב הראשונים ובעקבותיהם הרבה מדורות ישראל קיבלו דבריו של רש"י כהלכה למעשה, והתרשלו מבניין הארץ והמקדש כיוון שחשבו שמצווה זו מוטלת על הקב"ה! (ולא כפי שנפסק ברמב"ם ספר עבודה וכפשט הגמרא בשבועות)

אומנם יש לדעת שיש גם הסבר אחר לסתירת הסוגיות:
בית הבחירה למאירי מסכת סוכה דף מא עמוד א
ומ"מ בגמ' שאלו באיזה צד היה מקום לחששא זו לאסרו כל היום שאם חשש שמא יגמר הבנין ביום שיתסר עצמו הרי מ"מ בשחרית לא היה שם מקדש וכבר הותר על ידי האיר פני מזרח ואם שחשש שמא יגמר קודם שיתסר מ"מ למה אסר כל היום דיו לאסור עד חצות שהרי בזמן המקדש הרחוקים היו אוכלים מחצות ולמעלה כמו שביארנו והשיבו שהחששא היתה שמא יגמר הבנין סמוך לשחרית של שיתסר כגון בלילה שמחרתו שיתסר או בחמיסר סמוך לשקיעת החמה שנמצא אסור עד שיהא העומר קרב ושאין שהות ליקרב בחצות שהעומר טורח יתר היה בו לקצרו וליבשו באביב של קלוי ולצברו עד שיזוב לחותו ולטחנו ולנפותו בשלש עשרה נפה ולא יהא אפשר ליקרב בחצות ומתוך כך אסרו לכל היום ואף על פי שאין בנין בית המקדש דוחה יום טוב וכן שאין בנין בית המקדש בלילה דהא כתיב וביום הקים את המשכן חשש לבית דין טועים שתהא חיבת הקדש מביאתן לכך:

היינו שוודאי שחשב ריב"ז שיבנה המקדש בידי אדם אלא שחשש לב"ד שיטעו ויבנוהו נגד הדין המפורש במסכת שבועות!