כרבי יהודה בן לקיש ושאר תנאים הסוברים שארון במקומו נגנז כלומר שעדיין הוא גנוז בהר הבית ( ואין זה משנה לעניין זה היכן - אם תחת קה"ק או בלשכת העצים שכנראה היה בה פתח לרדת למקום הגניזה ), וכפי שפסק בעקבותיהם הרמב"ם, כיצד יש להסביר את שיטת רבי אליעזר הסובר ש'ארון גלה לבבל', והרי מעולם לא שנה דבר שלא שמע מרבו, ומסורת מהימנה היתה לו, ועוד, הרי מתברר שגם רשב"י היתה לו מסורת כזו ?
וצריך לומר שאכן 'ארון גלה לבבל' היתה המסורת, אולם רבי יהודה בן לקיש הוא בעל המסורת ש'שני ארונות היו עם ישראל במדבר', ויש מחלוקת מסובכת בעניין זה בין הראשונים מה היתה תכולת כל אחד מהארונות הללו, ובמקום אחר הראיתי ( התפרסם בשני חלקים ב'שמעתין' ותחת ידיי מאמר מתוקן שאולי אפרסמו בעתיד )שהמחלוקת האמיתית אינה כשיטות הראשונים הידועות ( רש"י לעומת הרמב"ן ואברבנאל ) אלא שלשיטת רבי יהודה בן לקיש שני הארונות היו כשיטת רבי יהודה בר עילאי ( בירושלמי שקלים וסוטה ), שהיה ארון הברית אחד בלבד ובו כל הלוחות - השלמים והשבורים, וארון קטן כקופסה גדולה ( וכנראה היה עשוי עץ ) שהיה בה ספר התורה שכתב משרע"ה, ושבד"כ היה מונח מצד ארון הברית, וארון זה גלה לבבל בגלות החרש והמסגר, אשר על כן בזה גלתה התורה לבבל ולכן התחזק שם ונשמר לימוד התורה כל תקופת בית שני ואחריו עד סוף ימות האמוראים הסבוראים והגאונים. אכמ"ל.