במחילה מכת"ר אך הבנתי את מהלך הסוגיה קצת אחרת.
ותחילה אצטט:
(1) אמר ליה רבי אלעזר לרבי יאשיה דדריה לא תיתב אכרעיך עד דמפרשת ליה להא מתני' מנין לעומר שמתיר בהשרשה
(2) מנלן דכתיב אביב לאו מכלל דאיכא דלאו אביב
(3) [ודילמא] דלאו אביב ולעולם דעייל שליש
(4) אלא אמר שמואל...
(5) אמר רבי יצחק...
(6) אלא אמר רבא... אמר ליה רב פפא לרבא...אמר ליה...

בשלב (2) רבי יאשיה משיב לשאלת רבי אלעזר, וסביר להניח שכאן נחה דעתם והסתיים הדיון ביניהם.
בשלב מאוחר יותר (ובמקום אחר - בבבל) - התקשו בתירוץ רבי יאשיה - והקושי מובא בשלב (3).
בעקבות כך, הגיע שלב (4) ובו תירוצו של שמואל (והמשך השתלשלות הסוגיה בדורות שלאחר מכן).

כל הנ"ל, זה בניגוד להבנתך, ששלב (3) נאמר בשלב הדו-שיח בין רבי אלעזר לרבי יאשיה [שהרי כך משתמע מדבריך, שהרי כתבת: "הגמרא לא מספרת לנו מה קרה באותו מפגש של ר' יאשיה עם ר' אלעזר. כנראה הוא ענה לו תשובה מניחה את הדעת והיא נשכחה, והגמרא מנסה למצוא לבד"]


לגבי ההתבטאות המיוחדת של רבי אלעזר, ראה דבריו של הערל"נ (מכות ג "ב):
לא תיתב אכרעיך. הריטב"א הביא פירושים שונים, ולכולם הפירוש שלא ישב אלא יעמוד. וזה יש לפרש ע"פ מה דאמרי' מגילה (כא א) ע"י שירד חולי לעולם התחילו ללמוד תורה מיושב, וכן מפרש רבא שם סתירת הפסוק ואשב בהר ואנכי עמדתי בהר - קשות מיושב רכות מעומד, ע"ש. וזה אפשר כוונת שמואל שאמר לרב מתנא, השאלה שאני שואל ממך אינה בכלל קשות דמיושב אלא בקל תוכל להשיב לי ולכן תשיב לי מיד מעומד:


ועלה אף בדעתי לנסות לקשר זאת לדבר הבא:
בגמרא לפעמים נאמר הסגנון הבא: "יתיב רבי פלוני קמיה דרבי פלוני ויתיב וקאמר" - ועולה הקושיה מדוע נאמר פעמיים "ויתיב".
אפשר בפשטות לומר שכך דרך סגנון הדיבור (לאחר שיש קצת גלישה, אז מחזירים אותנו לעיקר [ראה לדוגמא את דברי הרמב"ן בתחילת שמות המבאר את פשר מניין שמות בני ישראל בשנית]).
אך פעם ראיתי - אינני זוכר היכן - שיש מי שמפרש, שכאשר תלמיד, שישב לפני רבו רצה לשאול שאלה את הרב, אז הוא עמד (במקום להצביע), וכשקיבל רשות לדבר ולשאול, אז התיישב בחזרה.