ראה כאן במהר"ץ חיות שתירץ:
... מצינו הרבה משניות שהיו סדורות עוד קודם רבינו...

וכן כתב המהר"ץ חיות בבבא קמא ו ע"ב:
האי תנא ירושלמי. נ"ב ידענו דהרבה משניות הי' סדורים עדיין קודם רבי כמו מס' מדות נסדרה ע"י ראב"ן יעקב ומס' כלים בשלימותה היתה עדיין סדורה קודם רבי כמו שדקדק הגאון בעל חכם צבי סי' י"ד דאמר ר' יוסי שם אשרך כלים שנכנסת בטומאה ויצאת בטהרה.
והנה שלשה משניות אלו שבפרקין היינו ארבעה אבות וכל שחבתי ומשנה דשום כסף משונים משאר המשניות הן ע"י לשון קצרה והן בשינוי הלשון כאשר המעיין יכיר ויבין ובגמרא הוכרחו לפרש ולדרוש כל מלה כאן ומדקדק הש"ס דהאי תנא ירושלמי הוא היינו שמשניות אלו באו מחכם ירושלמי אשר היה תופס לשון קצרה והכניסם רבינו הקדוש בסדר שלו והניחם כמו שמצאם ולא זזו ממקומם:

תוס' ר' עקיבא איגר בסוף מסכת כלים:
אף דרבי יוסי היה רבו של רבי, מכל מקום היה להם סדרי משנה קודם רבי.
וכ"כ תוס' בב"ק צ"ד ע"ב ד"ה בימי רבי כו' שהמשניות היה קודם רבי.

ר' שמשון מקינון (ספר כריתות, לשון לימודים, שער ב, אות נח):
רבי אע"פ שסדר המשנה לא הוסיף ולא גרע מלשון המקובל לו, מהא דפירקא קמא דיבמות (דף ט') דקאמר אמר ליה לוי לרבי מאי איריא דתני ט"ו לתני י"ו ולא קאמר מאי איריא דתניתא ט"ו תיתני י"ו משמע דמקשה למשנה ולא לרבי, ועוד מדקאמר ובפלוגתא לא קמיירי ולא קאמר ובפלוגתא לא איירינן שמע מינה כדמפרשינן שרבי תנא סדר שקיבל

מאירי (מבוא למסכת אבות):
וחבר ספר המשנה בששה סדרים הידועים במאה ונ' שנים אחר החורבן,
כלל בו כל מה שנתקבל בתורה שבע"פ מביאורי התורה והמצות, ומה שנתחדש בכל דור ודור, ממה שנודע לו, עם מה שמצא לכל החכמים הם מסכיות שלימות כמו שאמרו ביום שנתמנה ר' אלעזר ן' עזריא נשיא בו ביום נשנית עדיות, וכמו שאמרו בסוף הוריות לדרוש לן מר מילי דעוקצין, הן מה שלא מצאו מסודר וסדרו מתחילה הן מה שהוסיף בכח שכלו וסברתו.

אני מצרף גם קובץ ובו סיכום בקצרה של שיטות הראשונים והחוקרים [ובמידה ותרצה אוכל לשלוח לך מקורות רבים שיש לי בנושא זה].