בפירוש המשנה מסכת סנהדרין פרק ט משנה ו
"והתורה לא פסקה הדין בהריגתו אלא באופן האמור".

כלומר שהמשותף לדברים אלו דוקא הקלות היחסית שבהם, שאין בעונשם מיתת בית דין. אבל העובר עליהן ראוי למות. והדבר נעשה רק בידי מי שעברה עליו רוח קינאה וקינא לה'.

באשר לנזק העלול להגרם.
על קושיה זו עונה הקב"ה:
(במדבר כה, יב) לָכֵן אֱמֹר הִנְנִי נֹתֵן לוֹ אֶת בְּרִיתִי שָׁלוֹם.

ופירש הנצי"ב בהעמק דבר
"את בריתי שלום. בשכר שהניח כעסו וחמתו של הקב"ה ברכו במדת השלום. שלא יקפיד ולא ירגיז. ובשביל כי טבע המעשה שעשה פינחס להרוג נפש בידו. היה נותן להשאיר בלב הרגש עז גם אח"כ אבל באשר היה לש"ש מש"ה באה הברכה שיהא תמיד בנחת ובמדת השלום. ולא יהא זה הענין לפוקת לב. וע' כיב"ז בס' דברים י"ג י"ח ברוצחי עיר הנדחת".

רצונו לומר, שברכה זו נצרכת גם להורגי עיר נדחת ככתוב שם (דברים יג, יח) וְנָתַן לְךָ רַחֲמִים וְרִחַמְךָ.
וכתב בהעמק דבר שם:
"ונתן לך רחמים. דמעשה עיר הנדחת גורם... שההורג נפש נעשה אכזר בטבע. והנה יחיד הנהרג בב"ד כבר נבחר לזה שלוחי ב"ד. אבל עיר שלמה בע"כ עלינו להרגיל כמה אנשים להרוג ולהיות אכזרים...".