שהרי בכמה מקומות כתב שהוא טועה.
באונקלוס בראשית מג, ב: "והוה, כד ספיקו למיכל ית עבורא".
וכתב רש"י: "כאשר כלו - כד שציאו. והמתרגם כד ספיקו, טועה".

באונקלוס דברים יז, ה: "ותפיק ית גוברא ההוא או ית איתתא ההיא דעבדו ית פתגמא בישא הדין, לתרע בית דינך".
וכתב רש"י: "המתרגם אל שעריך, לתרע בית דינך, טועה".

באונקלוס בראשית טו, יא: "ונחת עופא, על פלגיא; ואפרח יתהון, אברם".
וכתב רש"י: "על הפגרים - על הבתרים (הפגרים מתרגמינן פגליא, אלא מתוך שהורגלו לתרגם (פסוק י) איש בתרו, ויהב פלגיא, נתחלף להם תיבת פגליא לפלגיא, ותרגומו הפגרים פלגיא, וכל המתרגם כן טועה, לפי שאין להקיש בתרים לפגרים, שבתרים תרגומו פלגיא, ופגרים תרגומו פגליא לשון פגול, כמו (ויקרא יט ז) פגול הוא לשון פגר)".

גם תרגום עקילס האמיתי אשר נמצאו שרידים ממנו, ושנכתב ביוונית כדברי הירושלמי וכפי המילים המצוטטות ממנו בירושלמי ובמדרשים, אינו מסיני. אלא: "תירגם עקילס הגר התורה לפני רבי אליעזר ולפני רבי יהושע וקילסו אותו ואמרו לו יפיפית מבני אדם" (ירושלמי מסכת מגילה פרק א ה"ט). אילו ידעו שכיון לתרגום שניתן בסיני לא היה צורך בתרגומו. וגם לא היו אומרים במקומות רבים "תרגם עקילס" אלא 'נתרגם מסיני'.

אמנם אמרו במסכת מגילה דף ג ע"א:
"ותרגום של תורה אונקלוס הגר אמרו? והא אמר רב איקא בר אבין אמר רב חננאל אמר רב: מאי דכתיב (נחמיה ח') ויקראו בספר תורת האלהים מפרש ושום שכל ויבינו במקרא. ויקראו בספר תורת האלהים - זה מקרא, מפרש - זה תרגום, ושום שכל - אלו הפסוקין, ויבינו במקרא - אלו פיסקי טעמים, ואמרי לה: אלו המסורת. - שכחום וחזרו ויסדום".
הקושיה היא שהרי מצינו שתרגמו כבר בימי עזרא. ותירצו שהתרגום שנהגו בימי עזרא נשתכח והיה צורך לחדש תרגום. אבל לא אמרו שבהכרח זהו בדיוק אותו תרגום עצמו. וגם לא אמרו שהתרגום שנהגו בימי עזרא הוא אותו תרגום שמזמן משה המוזכר במשנה במסכת סוטה ז משנה ה: "ובנו את המזבח וסדוהו בסיד וכתבו עליו את כל דברי התורה בשבעים לשון שנאמר באר היטב".
וכך יש לפרש גם את דברי רש"י שבמסכת קידושין דף מט ע"א:
"הרי זה מחרף - מבזה את המקום משנה את דבריו ואונקלוס כשהוסיף לא מדעתו הוסיף שהרי בסיני ניתן אלא שנשתכח וחזר ויסדו כדאמרי' במגילה (דף ג) ושום שכל זה תרגום".
שהיה תרגום מסיני ואונקלוס נשתדל להחזירו ככל שידיו הגיעוהו.
וכן כתב בספר העיתים סימן קעה (לר' יהודה בן ברזילי הנשיא אלברצלוני תלמיד הרי"ף) "ותרגום של ארץ ישראל שיש בו תוספת הגדות זה הוסיפו חזנין שלהן מחמתן ואמרו שמותר לאומרו בבית הכנסת מפני שפירוש הוא". כלומר שלמרות שאמרו במסכת קידושין דף מט ע"א: "המתרגם פסוק כצורתו - הרי זה בדאי, והמוסיף עליו - הרי זה מחרף ומגדף! אלא מאי תרגום? תרגום דידן". לאו דוקא תרגום 'אונקלוס' שנהגו בו בבבל ולא בא"י, אלא רק לאפוקי תרגום בדוי על פי הבנה מוטעית, כגון (בראשית ט, כז) וְיִשְׁכֹּן בְּאָהֳלֵי שֵׁם - "וישרי שכינתיה במשכני שם", ולא שהקב"ה ישכון בעצמו ח"ו.