בר קפרא לימד את רבי יהודה הנשיא, במסכת נדרים דף נא ע"א. אך גם אם בר קפרא נחשב משום כך לתנא ככל התנאים, אין כל כך קושיה מכך שהאמוראים חולקים עליו, שכן מצאנו אמורא חולק על תנא במסכת יומא דף מג ע"ב: "ורבי יוחנן לא מיבעיא לתנא דלא ציית אלא אפילו לרביה לא ציית דאמר רבי יוחנן משום רבי שמעון בן יהוצדק...". ויכולים לחלוק אפילו על גדול מתנא, שלמד ממשה רבנו עצמו, במסכת חולין דף קכד ע"א: "ומשום דרב נחמן חתניה דבי נשיאה הוא מזלזל בשמעתיה דרבי יוחנן?!... אמר ליה: האלהים! אי אמר לי יהושע בן נון משמיה לא צייתנא ליה...".