במאמר החביב שציינת לא מובא המקור לדברי רש"י (למעט דברי הרב הנקין הקשים לעיכול: "...לכן הסיפור אינו מסתבר לע"ד... סיפור זה אינו נמצא בדברי חז"ל, ולא נודע מקורו, ושאר הראשונים לא הזכירוהו, ושמא יסודו באיזה סיפור עם או מקור אחר, שנשתרבב שמה של ברוריה לתוכו. ועל רש"י אין תלונה שהוא רשם מה ששמע...").
כמו כן, מצויין במאמר זה, שבראשונים אחרים לא מצאנו שמפרשים כרש"י.

ובכל אופן - השאלה שלי היא - מה המקור האמיתי לדברי רש"י [קשה לי לקבל את דברי הרב הנקין]?
הסברה הפשוטה (וכנראה היחידה) היא שלרש"י יש מקורות קדומים, והרבה מפירושיו השתלשלו ובאו אליו מתורת הגאונים. כך גם שמעתי פעם שפירוש רש"י האחרון למסכת - מקורו בגאונים.

כדאי גם לעיין באשכול זה, בו כבר העלינו נושא זה.