[1]
ספציפית לגבי שמואל - מדוע לא כונה רב שמואל - ראה כאן.

[2]
לגבי רבה, רבא, רבינא, רבין ועוד - מדוע לא כונו רב - ראה אשר כתב רב שרירא גאון (האגרת השנית):
רבה ורבא – אבה ואבא שמותיהן ... וזה רי"ש שבראש המלה סימן הוא לרב ולישנא קלילא. וכן ראמי בר חמא - אמי שמו ... ראבין – אבין שמו ... הרבה כן בתלמוד ... רבינא – אבינא שמו ...

[3]
[ובהזדמנות זו:
רב האי גאון (בסוף מסכת ע"ז, כ"י ביהמ"ד לרבנים, מהדו' ר"ש אברמסון):
... אלו כלן ראבה, נכתבין בהא והבי דגש. אבל ראבא נכתב באלף והבי רפוי.]

[4]
[ועוד בהזדמנות זו -רב שרירא גאון (האגרת השנית):
אבל מר אחת משני דרכים:
או מי שזה עיקר שמו, כגון מר בר אמימר, מר בר רב אשי ...
ודרך שניה ראשי גליות שבבבל והנשיאים המעותדים לנשיאות מבית דוד כגון מר עקבא, מר יוחנא, מר יהודה ומר זוטרא.
ויש בהן שמאחרין את מר אחר שמותיהן כגון הונא מר ...]

[5]
לגבי שמו המקורי של אביי, כהשלמה לדברי הרב דוד כוכב, ראה גם את הדעה השניה כמובא ברש"י גיטין לד ע"ב לעומת רעק"א שם בגליון הש"ס.

[6]
לגבי בעיית הזיהוי של 'סתם' רבי זירא שבתלמוד (אחד או שנים, מתי והיכן) - ראה אצל ח' אלבק במבוא לתלמודים.