יש הבדל מהותי בין צורת קיום המצוות, שנהגו בהם עם ישראל מימות משה רבנו. כמו לולב, אתרוג, תפילין, ששם לא נפלה מחלוקת בצורת קיום המצוות.

לבין פרשנות והבנה במצוות כגון האם אינו מתכוון מותר או אסור, האם מלאכה שאינה צריכה לגופה מותרת או אסורה, האם יאוש שלא מדעת נכלל באבוד ממנו ומכל אדם והרי אלו שלו או לא. זוהי פרשנות בהבנת הדברים שברור שנוצרה במשך הדורות בבתי המדרש השונים.

בענינים שקשורים לעבודה בבית המקדש, בזמן כתיבת המשנה והגמרות לא היו מי שיוכלו לזכור ולהעיד, אמנם היו מסורות על עדויות שונות, כמופיע במס' עדויות, ובגמ', אבל לא יתכן שיקום תנא כל שהוא, ויחליט מדעתו מה מותר ומה אסור, מה כשר ומה פסול.