פסוקים שמתייחסים רק לזמן שעובר (בלי מצוה ששייכת באותו זמן), אין בעיה לדבר על ימים בלבד, כי זה כולל מאליו גם את הלילות.
לגבי חמץ ומצה, הגמרא באמת מצריכה לימוד שמדובר גם על הלילות (פסחים ה.).
מצות ספירה שמתקיימת על ידי בדיקה, אכן נעשית דוקא ביום.

[מהניסוח של דבריך נשמע שאתה לא ממש מחפש תשובות, אז אני כותב את זה למי שמעונין בכל זאת]