בהרבה מאוד מקומות רש"י לא מעיר על כך,
וייתכן שזה בגלל שהיכן שזה פשוט ומובן אז רש"י לא צריך להעיר על כך.

ואולי יש להציע אפשרות נוספת,
וזאת על בסיס דברי הליכות עולם שער שני א/ב:
כל היכא דאיתמר והתנן והתניא קושיא היא ולפרוכי קאתי. ופעמים תמצא והתנן והתניא סיוע, וההפרש שיש ביניהם שאותו שהוא קושיא כתיב בלא אל"ף ובתמיה קרינן ליה, ואותו שהוא סיוע כתיב באל"ף ובניחותא קרינן ליה.
ועל פי זה אולי יש להציע שבמקומות שהגירסה לא היתה יציבה (והתניא או והא תניא) בא רש"י והעיר על כך.