תפילין שפרשיותיהם ערוכות כפי הסדר שקבע רבנו תם: "קדש לי", "והיה כי יביאך", "והיה אם שמע", "שמע", להבדיל מן התפילין הרגילות והמקובלות הנקראות "תפילין של רש"י", שבהם הפרשיות ערוכות לפי הסדר הכתוב בתורה: "קדש לי", "והיה כי יביאך", "שמע", "והיה אם שמע".
ההבדל בין שיטת רש"י לשיטת רבנו תם לגבי סדר מקום הפרשיות, יוצר גם הבדל בסדר כתיבת הפרשיות של יד, הצריכות להכתב "כסדרן" (כסדר כתיבתן בתורה): לשיטת רש"י: כותבים את ארבע הפרשיות זו אחר זו כסדר כתיבתן בתורה; לשיטת רבנו תם: כיון שאת הפרשיות צריך לכתוב "כסדרן", אך סדר מקומן אינו "כסדרן", אי אפשר לכתבן זו אחר זו כשיטת רש"י, אלא כותבים אותן בסדר כדלהלן: כותבים את פרשת "קדש לי" ואת פרשת "והיה כי יביאך", משאירים עמוד ריק לפרשת "והיה אם שמע", מדלגים עליו וכותבים את פרשת "שמע" בסוף הקלף, חוזרים לעמוד הריק וכותבים עליו את פרשת "והיה אם שמע".
כמו כן ההבדל בין שיטת רש"י לשיטת רבנו תם יוצר גם הבדל במקום יציאת שיער העגל (כיון שאת קצות שיער העגל, הכרוך סביב פרשת "והיה אם שמע", יש להשחיל בחור שמימין לבית, בו נמצאת פרשת "והיה אם שמע"), כמבואר להלן: בתפילין של רש"י, פרשת "והיה אם שמע" נמצאת בבית הרביעי מימין, ולכן את קצות שיער העגל משחילים בחור שבין הבית הרביעי לבית השלישי. בתפילין של רבנו תם, פרשת "והיה אם שמע" נמצאת בבית השלישי מימין, ולכן את קצות שיער העגל משחילים בחור שבין הבית השלישי לבית השני.
לפי שיער העגל הנראה בתפילין של ראש מבחוץ, ניתן להבחין בין תפילין של רש"י לתפילין של רבנו תם גם לאחר סגירת הבתים: בתפילין של רש"י: שיער העגל נראה בין הבית הרביעי לבין הבית השלישי מימין. בתפילין של רבנו תם: שיער העגל נראה באמצע הבתים של ראש.
כמו כן, מחלוקת זו, יוצרת הבדלים בין פרשיות של רש"י לבין פרשיות דרבנו תם לגבי פרשה פתוחה ופרשה סתומה, כלומר, בצורת השורה האחרונה של פרשיות "והיה כי יביאך" ו"והיה אם שמע", כדלהלן:
א. ההבדל בצורת השורה האחרונה של פרשת "והיה כי יביאך" הוא: בפרשיות לשיטת רש"י, השורה האחרונה של פרשת "והיה כי יביאך" מסתיימת בתוך השורה ולאחריה יש רווח כשיעור עד סוף השורה, כיון שהפרשה שלאחריה, פרשת "שמע", היא פרשה פתוחה. בפרשיות לשיטת רבנו תם, השורה האחרונה של פרשת "והיה כי יביאך" מסתיימת ברווח שהוא פחות משיעור, כיון שהפרשה שלאחריו, פרשת "והיה אם שמע", היא פרשה סתומה.
ב. ההבדל בצורת השורה האחרונה של פרשת "והיה אם שמע" הוא: בפרשיות לשיטת רש"י, השורה האחרונה של פרשת "והיה אם שמע" מסתיימת בסוף שורה. בפרשיות לשיטת רבנו תם, השורה האחרונה של פרשת "והיה אם שמע" מסתיימת בתוך שורה ולאחריה יש רווח כשיעור עד סוף השורה, כיון שהפרשה שלאחריה, פרשת "שמע", היא פרשה פתוחה.
(מתוך: אנציקלופדיה תורנית מרוכזת, מכון יסודות 03-5707894)