אכן, כפי שכתב Almuaddib אין כאן שום בדיל של קושיה, ובפרט על שיטת רש"י.

הנה מקור נוסף מפורסם בו תיאר רש"י את אופן עריכת התלמוד, והדברים יתבהרו מאליהם:
רש"י (בבא מציעא פו ע"א):
"סוף הוראה - סוף כל האמוראין, עד ימיהם לא היתה גמרא על הסדר אלא כשהיתה שאלה נשאלת בטעם המשנה בבית המדרש, או שאלה על מעשה המאורע בדין ממון או איסור והיתר - כל אחד ואחד אומר טעמו, ורב אשי ורבינא סידרו שמועות אמוראין שלפניהם, וקבעו על סדר המסכתות כל אחד ואחד אצל המשנה הראויה והשנויה לה, והקשו קושיות שיש להשיב ופירוקים שראוים לתרץ הם והאמוראים שעמהם, וקבעו הכל בגמרא, כגון: איתיביה מיתיבי ורמינהי איבעיא להו, והתרוצים שעליהן, מה ששיירו אותן שלפניהן, ואותן שאמרו לפניהם הקושיות והתירוצין שעליהם לא קבעום בגמרא על סדר המסכתות והמשנה שסידר רבי, ובאו רב אשי ורבינא וקבעום".

וראה כך גם בתוס' לעיל (נז ע"ב ד"ה לאפוקי):
"... ואין להקשות מריב"ל דמשמע דקאי כוותיה, דריב"ל לא קאי על דברי שמואל לפרש דבריו דהא איהו קשיש מיניה הוה ועיקר דבריו של ריב"ל נאמרו ביבמות פ' החולץ (דף מח:) גבי הלוקח עבד מן העובד כוכבים מגלגל עמו י"ב חדש ותלמודא קבעה הכא לפרש מילתא דשמואל".

אך לכאורה ממקור זה קצת קשה על שיטת רש"ג שטען באגרתו שהתלמוד נוצר שכבות שכבות, לדוגמא (תרגום עברי, כתיבת התלמוד אות עה):
"בדברים אלו נתוסף התלמוד דור אחר דור, שכל דור ודור היו קובעים בו בתלמוד דברים של ספקות שנתחדשו להם ומעשים ושאלות שהיו נשאלות מהם".

אלא שכמובן, לא קשה על רש"ג, כיוון שאף הוא לכאורה מודה בפשטות, שהתלמוד לא נוצר רק "שכבות שכבות" וללא ידיים עורכות,
וכפי שכתב י"נ אפשטיין (מבואות לספרות האמוראים, עמ' 12):
"התלמוד הבבלי אינו כולו מעור אחד: התחילו בסידורו האמוראים הראשונים, סידרו את הברייתות על ידי המשניות, פירשו המשנה במימרות קצרות ופסקו הלכה (זו דברי ר' פלוני אבל חכמים אומרים, הלכה כר' פלוני, מוחלפת השיטה, זו אינה משנה, בלשון יחיד אני שונה אותה, וכדומה); הוסיפו הלכות שאינן במשנה, הלכות-תולדות, וקבעו אותן בתלמוד (קבעיתו לה נמי בתלמודא). ושרידים של סידור תלמוד יש לנו כבר מזמנו של ר"נ (עירובין לב ב), רב יוסף ותלמידיהם, אביי ורבא: הוויות דאביי ורבא; המימרות נתרבו והמשא-ומתן גדל; הביאו מימרות וסוגיות מארץ ישראל לבבל ומבבל לארץ ישראל; הישיבות נפרדו, וכל אחת שנתה את התלמוד בדרכה ובשיטתה (בסורא מתני הכי בפומבדיתא מתני הכי, וכדומה, לישנא אחרינא אמרי לה, איכא דרמי לה מירמא, איכא דאמרי לה בהאי לישנא, ר' פלוני מתני הכי ור' פלוני מתני הכי), וה"סדרנים" (כגון רנב"י "ריש כלה" בישיבת רבא שבמחוזא (ב"ב כב א), "ריש סידרא") "סידרוהו"; עד שהגיע הזמן לרבינא ורב אשי "סוף הוראה", "מסדרי התלמוד", שאספו את כל החומר שקדם להם, על פי רוב – בצורתו (ממש כמו שעשה רבי במשנה), פירשוהו, השלימוהו ו"סידרוהו". אבל עקבות המקורות השונים לא נמחקו; "הסוגיות ההפוכות", בלשונם של הראשונים (...) מעידות עליהם ברורות.
אלה מראים, שכל מסכת ומסכת הוא ספר לעצמו, שעל פי רוב גם דעתו וגם סידורו שונה, ולא כולן הן מזמן אחד, אלא שיש מסכות קדומות ויש מאוחרות".

וראה כאן בנוגע לזהות עורכי התלמוד.