"שלחו ליה לרבא: זוג בא מרקת, ותפשו נשר, ובידם דברים הנעשה בלוז, ומאי ניהו - תכלת".
מכאן שהתכלת היה מצוי בימי רבא.
והוא הלך ואזל כי הרומאים היו מחרימים אותו עבור מלכיהם.

בכתבי האר"י - שער הכוונות דרושי ציצית דרוש ד, נאמר:
"ודע כי ב' מיני ציציות הם, התכלת והלבן. ר"ל כי בזמן שבית המקדש קיים היה חוט תכלת עם הלבן ובזמה"ז לא יש כי אם לבן".
בהמשך קיימת חזרה שלש פעמים על כך שבזמן בית המקדש היה תכלת, לעומת לבן בלבד בזמן הזה.
יש שרוצים לומר שבימי רבא נשתייר תכלת מזמן בית המקדש.
אולם במסכת מנחות דף מב: אמרו:
"אמר ליה אביי לרב שמואל בר רב יהודה: הא תכילתא היכי צבעיתו לה? אמר ליה: מייתינן דם חלזון וסמנין ורמינן להו ביורה , ושקלינא פורתא בביעתא וטעמינן להו באודרא, ושדינן ליה לההוא ביעתא וקלינן ליה לאודרא".
צמר צבוע בתכלת יכול להתקיים זמן רב. אך כאן אמרו שעצם ההכנה של התכלת הגולמי נעשה בזמן אביי, ודם חלזון נוזלי ודאי לא יכול להתקיים זמן כה רב, ללא אמצעי הקפאה.
וכן כתב בשו"ת ישועות מלכו חלק או"ח סימן א
"הנה אין ספק שבזמן אמוראים היה תכלת וצבעו בו ציצית, גם בימי אביי ורבא לבשו תכלת וצבעו כמפורש במנחות מ"ב ע"ב דאביי שאל לרב שמואל ב"י היכן צבעיתו והוא השיב לו אלמא שהיו עוסקין בצביעות תכלת, וקשה לומר שהיה להם אז דם חלזון מקודם חרבן שהיה יותר מר' שנים".

לכן יש לפרש את דברי האר"י, שהתכלת היה בזמן בית המקדש, אך לא רק בזמן בית המקדש, אלא גם כמה מאות שנים אחר כך.
וגם אם נאמר שבדוקא הוזכר שם עניין האור שהאיר בזמן בית המקדש, שגרם לקיום התכלת, אין ירידת השכינה והסתלקותה נעשית בפעם אחת, אלא בשלבים.
כמו שאמרו באבות דרבי נתן פרק לד
"עשר ירידות ירדה שכינה על העולם... ואחת במקדש...
עשר מעלות נסתלקה שכינה ממקום למקום מכפורת לכרוב...".

ויש שמביאים ראיה מהספרי (דברים פיסקא שנד)
"אמר רבי יוסי פעם אחת הייתי מהלך מכזיב לצור ומצאתי זקן אחד. אמרתי לו פרנסתך במה? אמר לי מחלזון. אמרתי לו וכי מצוי הוא? אמר לי השמים שיש מקום בים שמוטל בהרים וסממיות מקיפות אותו ואין לך אדם שהולך לשם שאין סממיות מכישות אותו ומת ונימק במקומו. אמרתי ניכר הוא שגנוז לצדיקים לעתיד לבא וספוני טמוני חול, ספוני זו חלזון".
הרי לכאורה שאין החלזון מצוי, אלא ספון וגנוז לעתיד לבא.
אלא שאם כן קשה, כיצד התפרנס אותו זקן מהחלזון אם אינו מצוי כלל?
אלא שממקומו בים לא ניתן להביאו, ואעפ"כ הוא מצוי במידת מה, כגון כאשר הוא עולה ממקומו, כמו שאמרו במסכת ציצית פרק א הלכה י
"חלזון למה הוא דומה... ואינו עולה אלא לשבע שנים, לפיכך דמיו ביוקר".