המשניות והגמרות שעוסקות בתקנה זו, מדברים על לימוד תורה ותפילה וברכות שבכולם יש בעיה לבעל קרי.

לכאורה הגמרא לומדת את זה מסיני, שם זה היה באימה וברתת ובזיע.
ובאמת בגמרא ב"ק פ"ב ע"ב שם המקור לתקנת עזרא נאמר כך:
"ותיקן טבילה לבעלי קריין דאורייתא הוא דכתיב {ויקרא טו-טז} ואיש כי תצא ממנו שכבת זרע ורחץ את בשרו במים? דאורייתא הוא לתרומה וקדשים, אתא הוא תיקן אפילו לדברי תורה: וברש"י שם: 'שלא ישנה עד שיטבול'.

אם כן היה ניתן לומר שכל תקנת עזרא היא אך ורק על לימוד תורה.
מנא לן אם כן שיש בעיה גם כשמתפללים או כשמברכים?
ואולי פשוט לה לגמרא שתפילה וברכה ששם אומרים שם השם יותר מאשר בתורה, בודאי שיש בעיה. ובכל זאת, הרי המקור הוא מסיני, הוי אומר לימוד תורה בלבד.

ויותר ראיתי אצלינו באחד התוספותים שהביא דעה כי תפילה יותר חמורה מלימוד תורה.

השאלה היא האם עזרא תיקן לגבי לימוד תורה ובאו חכמים אחריו והרחיבו לתפילה ולברכות, או שעזרא כבר תיקן כל זה לכתחילה.

עוד יש לעיין, אם אכן התקנה היתה גם על תפילה, מה לגבי מי ששר זמירות שבת ושם מוזכר שם השם, גם אז צריך טבילה?
כמובן שאין זה נוגע לימינו שלא נהוג ענין זה, אבל יש חסידים ואנשי מעשה שמקפידים בכך עד כמה שניתן, השאלה עד איפה ההקפדה.
או למשל ניתן לשאול על הזמן שהיו אנשים דורשים בשלום חבר ונהגו לברך: 'ה' עמך', ואם הוא בעל קרי, האם מותר לו להזכיר שם השם?