עם פירוש אור אליהו
בדף כג יש הגהה מפורסמת של הגר"א
להגהה זו לא מצאתי שום אסמכתא בראשונים או בכתבי יד אולם תלמידי הגר"א אמרו על הגהה זו שהיא על פי הסוד
להלן קטע מההקדמה לספר (הגהות הגר"א) שמדבר על זה באופן כללי (ובקובץ המצורף יש התייחסות להגהה עצמה. ומעניין לציין שמי שמצאנו שמפרש את הגהת רבינו לפי הסוד הוא לא אחר מאשר ה"בני יששכר" מדינוב זצ"ל...):
הגהות על פי תורת הנסתר
"כתבו תלמידי רבינו (הקדמה לפירוש תקלין חדתין, חידושי הלכות על מסכת שבת כג ע"ב), שכמה הגהות כתבם רבינו על פי תורת הנסתר. ונראה בביאור הדברים, שידועה שיטת רבינו, שתורת הנגלה ותורת הנסתר אינם סותרים זו את זו, אלא מכוונים לאותו עניין ברובד שונה. ולכן לא תתכן סתירה בין תורת הנגלה לתורת הנסתר, וכמו שכתב הגאון רבי אברהם שמחה מאמציסלאו זצ"ל (אחיינו של הגר"ח מוולאז'ין זצ"ל, בהקדמה לספר מדרש רות החדש) על רבינו הגר"א: "זאת ועוד אחרת לימד דעת את תלמידיו וחכמי הדור, שאי אפשר שחלק הנסתר של התורה יהיה מחולק עם חלק הנגלה שלה, כי איך התורה תסתור את עצמה. ואשר נראה באיזה מקום כחלוקין, הוא מחמת שאין מבינים פירוש האמיתי בתלמוד או בזוהר. והוא ז"ל קירב אותם אחד אל אחד והיו לאחדים בידו הנגלה והנסתר, מכוונים צדקו יחדיו דווקא כו' ותלמידו הרב ר' החסיד מורנו מענדיל ז"ל בפי משלי שלמד כותב, ששמע מרבו כמה פעמים, שאם אין הפשט מכוון ממש עם סודו גם הפשט אינו אמת. וכן שמעתי מפורש יוצא מפי דודי הגאון מוהר"ח ז"ל, שזה היה כל עיקר דרכו של רבינו ז"ל בתורה". וכן כתוב בפירוש רבינו למשלי (ה, יח): "כלומר, במה שחדשת על פי פשוט, כשתבין הסוד, תראה איך הפשוט הוא נכון ואמת ואיך אין בה יתיר כלל, ותשמח אז בהפשוט שחדשת מנעוריך". ובהקדמת ספר פאת השלחן כתב: "שמעתי מאת אהבת נפשי הגאון הגדול החסיד המקובל המפורסם מוהר"ר מענדיל כו' ששמע מפיו הקדוש (של רבינו) בעת שקיבל ממנו פירושו על סדר טהרות, כי כל שיטה ופירוש שחידש בטהרות, לא החליטה עד שידע הפנים לפי הסוד". מכך נראה, שבדרך כלל הגיה רבינו על פי תורת הנגלה, היינו שראה שיש הכרח להגיה לפי תורת הנגלה, וראה גם שהדברים עולים בקנה אחד עם תורת הנסתר. ויש מקומות שההכרח הראשוני להגיה היה מתורת הנסתר, וראה שגם על פי תורת הנגלה ראוי להגיה כך, וצ"ע".