הגמרא מספרת
שר' יונתן בן עכינאי ורבי יונתן בן אלעזר ור' חנינא בר חמא
יתבי וקמיבעיא להו
הא דתנן אבות מלאכות ארבעים חסר אחת כנגד מי
אמר להו ר' חנינא בר חמא
- כנגד עבודות המשכן
...רבי שמעון ברבי יוסי בן לקוניא
- כנגד מלאכה מלאכתו ומלאכת שבתורה ארבעים חסר אחת
מדוע לא הזכירו את ר' נתן...( דף ע.) שלומד זאת מפרשת ויקהל (שמות לה א)
- אלא הדברים - "דברים" 2 "ה"דברים לרבות 1 הרי 3
"אלה" בגמטריא 36
הרי 39

הכי פשוט לתרץ שהם סוברים כר' יוסי
(כמו שהגמרא מתרצת שם לגבי שמואל)
אבל שהנושא הוא "כנגד מי" ...
הייתי מצפה שיביאו גם את הלימוד של ר' נתן.