סתם רבי יוסי במשנה הוא רבי יוסי בן חלפתא, דור רביעי לתנאים, תלמיד מובהק לאביו רבי חלפתא ולרבי עקיבא, ורבו של רבי יהודה הנשיא. רבי יוסי הוסמך יחד עם חבריו על ידי רבי יהודה בן בבא (סנהדרין דף יג ע"ב), ועמד בראש בית מדרש בעיר ציפורי, לאחר שהוגלה לשם על ידי הרומאים, בגלל ששתק כששמע את רבי שמעון מגנה את השלטון הרומאי (שבת דף לג ע"ב, וסנהדרין דף לב ע"ב).
מסופר בתלמוד (סנהדרין קיג ע"ב וברש"י שם), שאליהו הנביא היה רגיל לבא לבית מדרשו של רבי יוסי בכל יום. "אמר רבי יוסי: פעם אחת הייתי מהלך בדרך, ונכנסתי לחורבה אחת מחורבות ירושלים להתפלל. בא אליהו זכור לטוב ושמר לי על הפתח עד שסיימתי תפילתי... אמר לי: בני, מה קול שמעת בחורבה זו? ואמרתי לו: שמעתי בת קול שמנהמת כיונה ואומרת: אוי לבנים שבעוונותיהם החרבתי את ביתי ושרפתי את היכלי והגליתים לבין האומות" (ברכות דף ג ע"א).
רבי יוסי התפרנס מעיבוד עורות (שבת דף מט ע"ב וברש"י שם). היו לו חמישה בנים תלמידי חכמים, וכינה אותם בתואר "חמישה ארזים" (שבת דף קיח ע"ב). נאמר בירושלמי (ירושלמי, גיטין דף לז ע"ב): "רבי כד הוה בעי מקשה על רבי יוסי  אמר: אנן עליבייא מקשייא על רבי יוסי, שכשם שבין קדשי הקדשים לבין חולי חולין, כך בין דורנו לדורו של רבי יוסי. אמר רבי ישמעאל ברבי יוסי: כשם שבין זהב לעפר, כך בין דורנו לדורו של אבא". במחלוקותיו עם חבריו התנאים תלמידי רבי עקיבא, נפסקה הלכה כרבי יוסי (עירובין דף מו ע"ב). "אמר רבי יוסי: מימי לא עברתי על דברי חברי. יודע אני בעצמי שאיני כהן, אם אומרים לי חברי עלה לדוכן, אני עולה" (שבת דף קיח ע"ב).
(כתב: הרב אוריאל לוי)