ר' חנינא (או חנניה) סגן הכהנים, היה מחכמי ישראל שחיו בתקופת חורבן הבית השני. פעולתו נמשכה מימי הבית, עד לזמן מסויים אחריו. לפי מסורת אחת היה ר' חנינא אחד מהרוגי מלכות שנהרגו באחת הגזירות לאחר החורבן.
כפי שכינויו מלמד מילא ר' חנינא תפקיד נכבד במקדש - הוא היה סגנו של הכהן הגדול, סגן שניתנו לו גם סמכויות ידועות בניהול המקדש, ובעיקר היה ממלא את מקומו של הכהן הגדול כאשר לא יכול לשמש בקודש מפני טומאה או מחלה.
נראה כי משפחתו של ר' חנינא היתה מן המשפחות החשובות ומוזכרים קשרים ידועים בינה ובין בית הנשיאים, ר' חנינא היה מראשי הכהנים במקדש.
רוב דברי תורתו של ר' חנינא סגן הכהנים קשורים בבית המקדש ובהלכות הקרובות לכך כדיני קרבנות ודיני טומאה וטהרה.
לר' חנינא סגן הכהנים היה בן הנמנה בין התנאים - ר' שמעון בן הסגן.
(באדיבות מרכז שטיינזלץ)