דור ראשון לתנאים, בן דורם של רבן יוחנן בן זכאי ועקביא בן מהללאל.
שימש כסגן לכהן הגדול וכמיועד למלא מקומו באם יטמא ביום הכיפורים (יומא דף לט ע"א. סוטה דף מב ע"א).
אחרי החורבן מסר עדויות על עבודת הכהנים במקדש (מסכת עדויות ריש פרק ב), מעדותו למדנו שבבית ראשון היתה אש המערכה שעל גבי המזבח רבוצה כארי, ואילו בבית שני היתה רבוצה ככלב (יומא דף כא ע"ב). "אמר רבי חנינא סגן הכהנים: אני הייתי משמש בבית המקדש, ומעשה נסים היה במנורה: משהיו מדליקין אותה מראש השנה, לא היתה מתכבה עד שנה אחרת" (מדרש תנחומא תצוה סימן ג).
רבי חנינא סגן הכהנים הינו מהרוגי מלכות, וכן כתב השלחן ערוך (שו"ע אורח חיים סימן תקפ): "אלו הימים שאירעו בהם צרות לאבותינו וראוי להתענות בהם... בכ"ה בסיון נהרג רבן שמעון בן גמליאל ורבי ישמעאל ורבי חנינא סגן הכהנים".
(כתב: הרב אוריאל לוי)