תנא בדור הרביעי לתנאים, בתקופת יבנה ומרד בר כוכבא. היה מתלמידי רבי עקיבא הראשונים, ולמד ממנו גם את תורת הסוד (חגיגה דף יד ע"ב).
מסופר במדרש (ויקרא רבה פרשה כא, ח. וכן בכתובות דף סב ע"ב): רבי חנניא בן חכינאי הלך ללמוד תורה אצל רבי עקיבא בבני ברק יחד עם רבי שמעון בן יוחאי, שהו שם שלוש עשרה שנה. שלחה אשת רבי חנניא בן חכינאי להודיעו: בתך בגרה בא והשיאה. צפה רבי עקיבא ברוח הקודש ואמר לו: כל מי שיש לו בת בוגרת ילך וישיאה. כשהגיע לעירו ראה שהשתנו שבילי העיר ולא הכיר את ביתו, שמע שקוראים לאחת הנערות בשם בת חכינאי, הלך אחריה ונכנס לביתו פתאום. ראתה אותו אשתו ומחמת ההתרגשות פרחה נשמתה. התפלל: ריבונו של עולם, ענייה זו זה שכרה על כל השנים שהמתינה לי? ביקש עליה רחמים וחיתה.
רבי חנינא בן חכינאי היה אחד מעשרת הרוגי מלכות. נאמר במדרש (אוצר המדרשים אייזנשטיין עמ' תלט): "ואחריו הוציאו את רבי חנינא בן חכינאי, ואותו היום ערב שבת היה, וכל ימיו היה יושב בתענית מבן שתים עשרה עד תשעים וחמש שנה. אמרו לו תלמידיו: רבי, רצונך שתטעום כלום קודם שתיהרג. אמר להם: עד עתה התעניתי ולא אכלתי ולא שתיתי, ועתה איני יודע איזה דרך אלך ואתם תאמרו לי לאכול ולשתות. התחיל בקידוש היום ויכולו השמים עד ויקדש אותו, ולא הניחוהו לגמור עד שהרגוהו, ויצאה בת קול ואומרת אשריך רבי חנינא בן חכינאי, שהיית קדוש ויצאה נשמתך בקדושה".
(כתב: הרב אוריאל לוי)