גאון פומבדיתא, מונה לגאון בעקבות מחלוקת שהייתה בין שני ראשי הגולה דניאל ודוד בן יהודה, וזאת בזמן שהיה גאון מכהן, והוא רבי אברהם בר שרירא, לבסוף כשראה שיוצאת מחלוקת ממינויו ויתר על תפקיד הגאון ורבי אברהם הגאון כיהן לבד. לאחר פטירת רב אברהם גאון מונה שוב רב יוסף לגאון וכיהן במשך שש שנים בשנים ד'תקפ"ח - ד'תקצ"ג (828-833).