יהושע בן פרחיה היה נשיא הסנהדרין בדור השני לזוגות. חברו ניתאי הארבלי שימש לו כמשנה וכאב בית דין, ושניהם למדו תורה מפי יוסי בן יועזר ויוסי בן יוחנן (מסכת אבות פרק א משניות ו-ז.).
יהושע בן פרחיה התמנה לתפקידו בראשית מלכות יוחנן כהן גדול (בן שמעון המכבי). בימי ינאי המלך (בנו של יוחנן כה"ג) שהיה צדוקי, נרדפו החכמים, ויהושע בן פרחיה ברח למצרים; ומשחלפה הסכנה, שלח אחריו תלמידו שמעון בן שטח להשיבו לירושלים.
מסופר בתלמוד (סנהדרין דף קז ע"ב): "תנו רבנן: לעולם תהא שמאל דוחה וימין מקרבת... לא כיהושע בן פרחיא שדחפו לישו הנוצרי בשתי ידיו... כדקטלינהו ינאי מלכא לרבנן, אזל יהושע בן פרחיה וישו לאלכסנדריא של מצרים, כי הוה  שלמא שלח ליה שמעון בן שטח: מיני ירושלים עיר הקדש ליכי אלכסנדריה של מצרים: אחותי, בעלי שרוי בתוכך ואנכי יושבת שוממה. קם אתא ואתרמי ליה ההוא אושפיזא, עבדו ליה יקרא טובא. אמר: כמה יפה אכסניא זו. אמר ליה: רבי, עיניה טרוטות. אמר ליה: רשע! בכך אתה עוסק? אפיק ארבע מאה שיפורי (שופרות) ושמתיה (נידה אותו).  אתא לקמיה  כמה  זימנין, אמר  ליה:  קבלן! לא הוי קא  משגח  ביה. יומא  חד  הוה קא קרי קריאת שמע, אתא לקמיה, סבר לקיבולי, אחוי ליה בידיה. הוא  סבר: מידחא דחי לי. אזל זקף לבינתא והשתחווה לה. אמר ליה: הדר בך! אמר ליה: כך מקובלני ממך: כל החוטא ומחטיא את הרבים אין מספיקין בידו לעשות תשובה".
(כתב: הרב אוריאל לוי)