אלישע בן אבויה נולד בירושלים בסוף ימי הבית השני. משפחתו היתה מן המשפחות החשובות והעשירות בירושלים, אולם כפי המסופר בתלמוד הירושלמי היתה מושפעת מן התרבות הזרה, ולא היה לה קשר עמוק ליהדות. בגלל מאורעות מיוחדים ניתן לאלישע חנוך יהודי מעמיק, וכשרונותיו הגדולים העמידוהו בין החכמים החשובים. עם זאת היה תמיד (גם בהיותו מבאי בית המדרש) קשור לתרבות היוונית בגלוייה השונים, והיה מתעניין בספרי המינים וקורא בהם.
נוסף למסופר כאן, יש בתלמוד גם הסברים אחרים, כיצד בשל זעזועים נפשיים חמורים (שאולי היו קשורים בשנות השמד של אדריאנוס) עזב אלישע את היהדות לחלוטין. ממקורות שונים נראה כי לא זו בלבד שעבר על המצוות, אלא גם הגיע לשיתוף פעולה עם הרומאים כנגד אחיו היהודים, ויוחסו לו גם מעשי אכזריות רבים. מכאן מובן גם יחס האיבה שהיה כלפיו עוד בזמנו של רבי. בדורו היה כנראה רק ר' מאיר היחיד שהמשיך לקיים עמו קשר אישי ואף למד תורה מפיו, דבר שעורר בשעתו תרעומת גם כנגד ר' מאיר עצמו. יותר מרגשות האיבה נשארה לדורות הרגשת צער וכאב על שחכם בדרגתו יצא לתרבות רעה, וכן בהרגשה כי אחר היה אומלל גם ביציאתו ובמרידתו, אלא שלא מצא כוח בנפשו לשוב ולחזור אחרי שהרשיע כל כך. משום כך השאירו גם את דברי תורתו; מאמר מוסר שלו נמצא בפרקי אבות, ובאבות דר' נתן - פרק שלם מדברי תורתו.
לפי גרסת הגמרא שבידינו היה בן בתו של אחר התנא ר' יעקב.
(באדיבות מרכז שטיינזלץ)